L'attuale Badia di Settimo è il risultato delle sovrapposizioni culturali maturate nei secoli dalle comunità religiose che l'hanno abitata.
La parte più antica dell'intero complesso era forse costituita da un oratorio dedicato al Salvatore, trasformato alla fine del X secolo, per volere del Conte cadolingio Lotario, in monastero. Esso fu certo incorporato nella chiesa attuale, insieme all'area nella quale Pietro Igneo superò la prova dei fuoco.
Nella fabbrica della chiesa, in cui si riutilizzarono anche resti romani tuttora visibili nella cripta si possono riconoscere come chiaramente romanici la base del campanile, l'abside esterno della cappella di San Quintino, la cripta ed il sepolcro delle contesse cadolinge Gasdia e Cilla. In tale epoca la chiesa era a tre absidi con accesso dal centrale alla cripta, che attualmente costituisce senza dubbio la parte più antica del monastero.

Le tombe di Gasdia e Cilla, rispettivamente madre e moglie del madre del conte Ugo, morte nel 1075 e 1096, situate nella navata sinistra in una composizione di marmi bianchi e verdi, presentano iscrizioni lapidarie in elegantissimi caratteri di diretta ispirazione classica.
La primitiva costruzione monastica cluniacense doveva avere aspetto severo ed imponente anche perché doveva assolvere pure ad una funzione difensiva.

Contenuto della lapide: "Bernardus Fallani rei architectonicae peritissimus quem ob suas animi ingeniique dote etruria moerens luget adeptum ubi ad vitae lumen surrexeret ibi in pace tumulari ossa decrevit obiit die. 16 settembre 1809".
Il Fallani, nativo di Settimo, lavorò alla Badia a partire dalla soppressione, dal 1783 al 1786 circa, trasformando, tra l'altro, l'appartamento dell'abate in canonica.

Dopo Benedettini e Vallombrosani, subentrarono nella Badia i Cistercensi. Essi, ispirandosi alla regola di S. Benedetto, si erano imposti una vita di sacrificio e di lavoro. Volevano rinunciare ad ogni attività mondana e pertanto dovevano rendersi autosufficienti e fornirsi dei servizi essenziali.
Nel 1929 iniziò una fase di lavori di restauro, terminata nel 1931, con la quale fu demolito il portico secentesco antistante la facciata della chiesa mostrarne gli originali impianti romanico e gotico. Dal portico furono spostate anche, all'interno della chiesa, le tombe di Gasdia e Cilla. La stonacatura della facciata portò alla luce un piccolo rosone sopra quello centrale. Furono infine conservati i tre portali del Seicento. Nel 1944 vennero distrutti dalla guerra il campanile e la cappella di San Bernardo. Nel 1958 per volere popolare fu ricostruito fedelmente il campanile. Nel 1970 ripresero i restauri del portico trecentesco, della canonica e del chiostro dei Melaranci. Nel 1976 scavi interni alla chiesa hanno riportato alla luce l'antico piano di calpestio e la scala che permetteva di accedere alla cripta.

Il campanile all'inizio del secolo.

Il campanile come appare oggi ricostruito.